Στην κλήρωση μπήκαν οι 22 ομάδες της Super League 2 και οι 12 ερασιτεχνικές που προέκυψαν από τις πρώτες δύο φάσεις.
Στην 5η φάση, συμμετέχουν οι ομάδες της Stoiximan Super League, που δεν είχαν ευρωπαϊκές υποχρεώσεις.
Κανονικά συμπεριλήφθηκε στην κλήρωση της 3ης φάσης ο ΟΦ Ιεράπετρας, παρά το γεγονός ότι δύσκολα θα κατέβει στο πρωτάθλημα και οδεύει προς τα τοπικά.
Ωστόσο δεν έχει σταλεί ακόμα από την ΠΑΕ κάποιο έγγραφο παραίτησης στη Super League 2. Ετσι, η Ομοσπονδία τον συμπεριέλαβε κανονικά στην κλήρωση της 3ης φάσης, μαζί με τις υπόλοιπες ομάδες της κατηγορίας.
Τα παιχνίδια και των τριών φάσεων είναι μονά και οι ημερομηνίες που έχουν οριστεί είναι οι εξής: 3η φάση στις 13/9, 4η φάση στις 27/9 και 5η φάση στις 7-8/10.
Αναλυτικά τα ζευγάρια:
3η φάση
1 Αχαρναϊκός-Παναχαϊκή
2 Πανθρακικός-Εθνικός
3 Ζάκυνθος-Νίκη Βόλου
4 Χανιά-Απόλλων Πόντου
5 Αιολικός-Αναγέννηση Καρδίτσας
6 ΑΟ Χανιώτης-Τηλυκράτης
7 Παναργειακός-ΠΑΟ Βάρδας
8 Ιωνικός-Καλλιθέα
9 ΟΦ Ιεράπετρας-Καμπανιακός
10 Απόλλων Παραλιμνίου-Αλεξανδρούπολη
11 Μακεδονικός-Αιγάλεω
12 Κοζάνη-Ηρακλής
13 Ηλιούπολη-Λεβαδειακός
14 Γιούχτας-Αστέρας Σταυρού
- Άνευ αγώνα προκρίθηκαν οι: Διαγόρας, Μικρασιατικός, Πιερικός, Αλμωπός Αριδαίας, Καλαμάτα, ΑΕΛ.
4η φάση
15 Νικητής 12-Νικητής 4
16 Καλαμάτα-Νικητής 8
17 Νικητής 3-Νικητής 7
18 Πιερικός-Νικητής 1
19 Μικρασιατικός-Νικητής 10
20 ΑΕΛ-Νικητής 6
21 Νικητής 11-Διαγόρας
22 Νικητής 2-Νικητής 14
23 Νικητής 13-Νικητής 5
24 Αλμωπός Αριδαίας-Νικητής 9
5η φάση
Νικητής 18-Κηφισιά
Νικητής 22-Ατρόμητος
Νικητής 21-Παναιτωλικός
Νικητής 23-Λαμία
Νικητής 15-ΟΦΗ
Νικητής 19-Πανσερραϊκός
Νικητής 24-Αστέρας Τρίπολης
ΠΑΣ Γιάννινα-Βόλος
*Ανευ αγώνα προκρίνονται οι: Νικητής 16, Νικητής 17, Νικητής 20.