Ο πρώτος τίτλος της νέας εποχής πήγε σε ελληνικά χέρια, αφού ο Παναθηναϊκός στον τελικό του 1996 στο Παρίσι επικράτησε της Μπαρτσελόνα με 67-66, χάρη στο μαγικό χέρι του Βράνκοβιτς και το κόψιμο του σε αιφνιδιασμό της ισπανικής ομάδας, για το οποίο ξέσπασε μετά μεγάλη κουβέντα.
Γενικά η περίοδος από το 1996, ως και το 2001 είχε πολύ έντονο ελληνικό στοιχείο. Το 1997, την αμέσως επόμενη χρονιά δηλαδή, σε μια ακόμα ελληνοισπανική μάχη στον τελικό της Ρώμης, ο Ολυμπιακός πανηγύρισε τον δικό του πρώτο ευρωπαϊκό τίτλο στην ιστορία του. Η ομάδα του Ίβκοβιτς, του Ρίβερς, του Τόμιτς και του Τάρλατς νίκησε την Ρεάλ του Τζόρτζεβιτς με 73-58 σε ένα γήπεδο που θύμιζε περισσότερο ΣΕΦ παρά Παλαέουρ.
Το 1998 μια τρίτη ελληνική ομάδα η ΑΕΚ κατάφερε να φτάσει μέχρι τον τελικό της διοργάνωσης. Εκεί βρήκε όμως, μια πανίσχυρη Κίντερ Μπολόνια και ο τελικός της Βαρκελώνης κατέληξε σε ιταλικά χέρια. Ήταν οι ένδοξες μέρες της Κίντερ με τον Τζινόμπιλι και την παρέα του.
Το 1999 στο Μόναχο, είδαμε την Ζάλγκιρις του Καζλάουσκας να προτείνει ένα άλλο, ένα διαφορετικό μπάσκετ. Με τους Έντνι και Μπούι δίδυμο Αμερικάνων οι Λιθουανοί έτρεχαν το γήπεδο χωρίς αύριο και στον τελικό κέρδισαν την Κίντερ που έψαχνε back to back με 82-74.
Η Ελλάδα επιστρέφει στο “μιλένιουμ” το 2000 ο Παναθηναϊκός θα ράψει δεύτερο αστέρι στην φανέλα του. Με μία ομάδα που είχε αλώσει όλα τα ευρωπαϊκά γήπεδα, ο Ζέλιμιρ Ομπράντοβιτς στην Θεσσαλονίκη σε ένα καταπράσινο Αλεξάνδρειο κέρδισε την Μακάμπι με 73-67, έχοντας μάλιστα εκείνος μέσα στους κορυφαίους του τον Όντεντ Κάτας που παρά τον τελικό είχε περάσει μια περιπετειώδη σεζόν με πολλούς τραυματισμούς.
Το 2001 ήρθε η διάσπαση. Η ULEB και η Ευρωλίγκα δεν κατάφεραν ποτέ να συμφωνήσουν και η διοργάνωση έσπασε σε δύο κομμάτια. Ο Παναθηναϊκός έπαιξε στον έναν τελικό στο Παρίσι κι έχασε από την Μακάμπι με 81-67. Την ίδια χρονιά οι… αποστάτες που τελικά επικράτησαν στο μέλλον, έκαναν τον δικό τους τελικό με μορφή best of five. Αντίπαλοι Κίντερ Μπολόνια με Ταού Κεράμικα (νυν Μπασκόνια) τελική επικράτηση με 3-2 νίκες για τους Ιταλούς, μετά από πέντε παιχνίδια που είχαν μια περίεργη ιδιομορφία: Δεν ήταν κανένα ντέρμπι: 68-85, 94-73, 80-60, 79-96 και 82-74.
