Μόλις λίγους μήνες μετά την ανάληψη των καθηκόντων του, ο άλλοτε εμβληματικός αρχηγός της Εθνικής ομάδας (στο έπος του 2004) και Ευρωβουλευτής της Νέας Δημοκρατίας αποχώρησε από την προεδρία της Ελληνικής Ποδοσφαιρικής Ομοσπονδίας. Μάλιστα, κατέθεσε την παραίτηση του στον κ. Γεραπετρίτη.
Το πρωί της Τετάρτης (08/09) ο Ζαγοράκης πήγε στα γραφεία της Ελληνικής Ποδοσφαιρικής Ομοσπονδίας στο Γουδί κι ενημέρωσε τους συμβούλους της ΕΠΟ για την απόφασή του να παραιτηθεί.
Εν συνεχεία πήγε στο Μέγαρο Μαξίμου, όπου αυτή την ώρα έχει ραντεβού με τον Υπουργό Επικρατείας, Γιώργο Γεραπετρίτη και του υποβάλλει την παραίτηση του.
Όσον αφορά τους λόγους που συντέλεσαν για να παρθεί αυτή η απόφαση, θα πρέπει να περιμένουμε μέχρι την γραπτή δήλωση του Θοδωρή Ζαγοράκη.