To πρόγραμμά της στη στη Super League 2 της περιόδου 2021-22 έμαθε η ΑΕΚ Β μετά την κλήρωση της διοργάνωσης που έγινε απόψε στις εγκαταστάσεις του Γκολφ της Γλυφάδας. Οι «κιτρινόμαυροι» τοποθετήθηκαν στον Νότιο Όμιλο μαζί με άλλες 15 ομάδες και θα αρχίσουν την προσπάθειά τους από τη Ρόδο με αντίπαλο τον Διαγόρα.
Το πρόγραμμα της ΑΕΚ Β στον πρώτο γύρο έχει ως εξής:
1η αγωνιστική: Διαγόρας-ΑΕΚ Β
2η αγωνιστική: ΑΕΚ Β-Εργοτέλης
3η αγωνιστική: Χανιά-ΑΕΚ Β
4η αγωνιστική: ΑΕΚ Β-Λεβαδειακός
5η αγωνιστική: Καλλιθέα-ΑΕΚ Β
6η αγωνιστική: ΑΕΚ Β-ΟΦ Ιεράπετρας
7η αγωνιστική: Αστέρας Βλαχιώτη-ΑΕΚ Β
8η αγωνιστική: ΑΕΚ Β-Κηφισιά
9η αγωνιστική: Ηρόδοτος-ΑΕΚ Β
10η αγωνιστική: ΑΕΚ Β-Παναθηναϊκός Β
11η αγωνιστική: Επισκοπή-ΑΕΚ Β
12η αγωνιστική: ΑΕΚ Β-Καραϊσκάκης Αρτας
13η αγωνιστική: Καλαμάτα-ΑΕΚ Β
14η αγωνιστική: ΑΕΚ Β-Αιγάλεω
15η αγωνιστική: Ρόδος-ΑΕΚ Β
Στον δεύτερο γύρο οι έδρες θα είναι αντίστροφα.
Την ΑΕΚ Β εκπροσώπησαν στην κλήρωση ο Εκτελεστικός Διευθυντής της ΠΑΕ Γιάννης Παπαδημητρίου και ο Γενικός Αρχηγός της ΑΕΚ Β Ηλίας Ατματσίδης.
Η ΑΕΚ Β, όπως και καμία άλλη από τις Β ομάδες (Ολυμπιακός, Παναθηναϊκός, ΠΑΟΚ) δεν προβλέπεται να προβιβαστεί ή να υποβιβαστεί ούτε να συμμετάσχει σε play off ή play out, βάσει της προκήρυξης της διοργάνωσης.