Οι δύο κορυφαίες ομάδες της Αθήνας συγκρούστηκαν για πρώτη φορά στην Α Εθνική στις 8 Νοεμβρίου του 1959. Μόλις στο 3ο λεπτό ο 18χρονος Στέφανος Δεμίρης άνοιξε το σκορ για την Ένωση. Ο Ανδρέας Παπαεμμανουήλ ισοφάρισε στο 10′ για να δώσει προβάδισμα στον Παναθηναϊκό ο Μπενάρδος στο 67′. Ο νεαρός Δεμίρης όμως στο 71′ με το δεύτερο προσωπικό του γκολ διαμόρφωσε το τελικό 2-2. Την πρώτη χρονιά της Α Εθνικής ο τίτλος κρίθηκε σε μπαράζ ανάμεσα στις δύο ομάδες στο Καραϊσκάκη με τους πράσινους να επικρατούν με 2-1.
Περίοδος 1960-61 νωρίς στη σεζόν για την τέταρτη αγωνιστική το παιχνίδι διακόπηκε λίγο πριν το τέλος. Οι πράσινοι πήραν το παιχνίδι με 2-0 άνευ αγώνος κι ενώ στο ματς προηγούνταν με σκορ 3-2.
Το Νοέμβριο του 1961 το ντέρμπι έχει την υπογραφή του 25χρονου Γιάννη Χολέβα. Ο νεαρός επιθετικός με χατ τρικ οδηγεί τον Παναθηναϊκό σε θρίαμβο με 4-1 επί της ΑΕΚ. Το άλλο γκολ πέτυχε ο Θεοφάνης, ενώ για την ΑΕΚ προσωρινά είχε μειώσει ο Κρυστάλλης. Οι πράσινοι λίγους μήνες αργότερα επιβεβαίωναν την κυριαρχία τους κατακτώντας και το τρίτο πρωτάθλημα της Α Εθνικής.
Στις 16 Δεκεμβρίου του 1962 έρχεται η δεύτερη ισοπαλία ανάμεσα στις δύο ομάδες με τα γκολ του 1-1 να σημειώνονται μέσα σε ένα λεπτό. Ο Κρυστάλλης σκοράροντας για δεύτερη συνεχόμενη χρονιά στη Λεωφόρο άνοιξε το σκορ στο 21′ για την ΑΕΚ, αλλά ένα λεπτό μετά ο Λινοξυλάκης ισοφάρισε, ενώ το πέναλτι του Θεοφάνη σταμάτησε στο δοκάρι του Σεραφείδη. Οι δύο ομάδες έλυσαν τις διαφορές τους σε αγώνα μπαράζ στη Νέα Φιλαδέλφεια με το τελικό 3-3 να ευνοεί την Ένωση λόγω καλύτερου συντελεστή τερμάτων, σταματώντας την πράσινη κυριαρχία.
Το παιχνίδι της επόμενης σεζόν έχει μείνει στην ιστορία ως εκείνο με τα περισσότερα γκολ. Εννιά τον αριθμό. Η ΑΕΚ προηγήθηκε με δύο γκολ του Κανελλόπουλου και του Παπαϊωάννου στο 2ο και στο 5ο λεπτό. Ο Δομάζος μείωσε στο 14ο λεπτό, αλλά ο Νεστορίδης έδωσε και πάλι άερα δύο τερμάτων στην Ένωση στο 37′. Και πάλι ο Δομάζος μείωσε σε 3-2 δύο λεπτά αργότερα για να ισοφαρίσουν οι πράσινοι με αυτογκόλ του Σταματιάδη στο τέλος του ημιχρόνου. Ο Παναγιωτίδης στο 50’έδωσε προβάδισμα για πρώτη φορά στο τριφύλλι, ενώ ο Πανάκης πέντε λεπτά αργότερα έκανε το 5-3 σε μια εντυπωσιακή ανατροπή. Η ΑΕΚ μείωσε με τον Παπαιωάννου στο 82′ αλλά δεν κατάφερε να αποφύγει και την ήττα στο πιο συγκλονιστικό ματς που έγινε ποτέ ανάμεσα στις δύο ομάδες. Ο Παναθηναϊκός αυτή τη χρονιά επέστρεψε στους τίτλους και μάλιστα με εντυπωσιακό τρόπο, καθώς κατέκτησε το πρωτάθλημα αήττητος, επίτευγμα που δεν έχει επαναληφθεί μέχρι σήμερα.
Τέσσερις αγωνιστικές πριν το τέλος της περιόδου 1964-65 ο Παναθηναϊκός υποδέχεται την ΑΕΚ που είναι πίσω με δύο βαθμούς διαφορά. Μια κεφαλιά του Τάκη Λουκανίδη είναι αρκετή για το τελικό 1-0 που δίνει αέρα 4 βαθμών στον Παναθηναίκό για να κόψει πρώτος το νήμα για Πέμπτη φορά στα έξι πρώτα πρωταθλήματα στη μεγάλη κατηγορία.
Τον Δεκέμβριο του 1965 η ΑΕΚ θα πετύχει την πρώτη της ποτέ νίκη στην έδρα του Παναθηναϊκού. Ο Νικολαΐδης άνοιξε το σκορ για τους φιλοξενούμενους στο 4ο λεπτό για να ισοφαρίσει ο Λουκανίδης στο 10ο. Δέκα λεπτά μετά ο Παπαιωάννου έκανε το 1-2, όμως ο Παπουτσάκης ισοφάρισε για τους πράσινους στο 40′. Το τελικό 2-3 έγραψε ο Νικολαϊδης στο 67′ με το δεύτερο προσωπικό του γκολ. Για το παιχνίδι αυτό και για το θέμα παραμονής του στην ΑΕΚ, επέστρεψε ο Μίμης Παπαιωάννου από την περιοδεία στη Γερμανία με τη Μαριλένα και εντυπωσίασε.
Το μοναδικό 0-0 της δεκαετίας σημειώθηκε στις 6 Μαρτίου του 1967, με τις δύο ομάδες να αλληλοεξοντώνονται επιτρέποντας στον Ολυμπιακό να ξεφύγει για να φτάσει στο δεύτερο συνεχόμενο πρωτάθλημα του.
Τέταρτη ισοπαλία στα πρώτα χρόνια της Α Εθνικής τον Οκτώβριο του 1967. Την Τρίτη αγωνιστική της σεζόν, σκόρερ των δύο ομάδων, οι μεγάλοι τους ηγέτες, Δομάζος και Παπαιωάννου σκόραραν για το τελικό 1-1.
Τελευταίο παιχνίδι της πρώτης δεκαετίας την πρώτη Δεκεμβρίου του 1968. Νικήτρια η ΑΕΚ για δεύτερη φορά στην ιστορία της. Πρωταθλητής όμως ο Παναθηναϊκός για έκτη. Για την Ένωση το σκορ άνοιξε ο Νικολαΐδης στο 21′ με το τρίτο του γκολ στις συγκεκριμένες αναμετρήσεις. Ισοφάρισε ο Δημητρίου στο 39′, αλλά ο Σκευοφύλαξ έγραψε το τελικό 1-2 στο 64ο λεπτό.