Από τη σεζόν 1988-89 μετέχει διαρκώς και ανελλιπώς στη μεγάλη κατηγορία, ούσα η κύρια εκπρόσωπος του επαρχιακού ποδοσφαίρου. Τρεις φορές κατόρθωσε να βγει και στην Ευρώπη, χωρίς να πετύχει κάτι αλλά παραμένει πρωτοπόρος σε πολλά: το 1991 έγινε η πρώτη ομάδα στην ιστορία των εν Ελλάδι ομαδικών σπορ που απέκτησε χορηγό (την εταιρεία Viamara) και μετονομάστηκε σε Skoda Ξάνθη Α.Ο ενώ από το 2004 εδρεύει σε ιδιόκτητο γήπεδο, την «Skoda Ξάνθη Αρένα» στα Πηγάδια.
«Η ιστορία θα είναι καλή μαζί μου γιατί σκοπεύω να τη γράψω» είχε πει ο Ουίνστον Τσόρτσιλ και ο ιδιοκτήτης Χρήστος Πανόπουλος κάνει αυτό ακριβώς: κάθε χρόνο γράφει τη δική του σελίδα στην ιστορία του συλλόγου. Καίτοι έχει τη φήμη του «προπονητοφάγου», οι ακρίτες εδώ και δύο δεκαετίες είχαν πάντα γεμάτο ταμείο, απόρροια των παικτών που αναδείκνυαν και μοσχοπουλούσαν.
Στα του σήμερα, ο Μαρίνος Ουζουνίδης παραμένει στον πάγκο από τον Ιούνιο του 2011, παρουσίασε πέρυσι μια πολύ πιο επιθετική ομάδα από ό,τι μας είχε συνηθίσει (κυρίως στη Λάρισα) και δικαιωματικά συνεχίζει το έργο του. Σε μια ομάδα όπου ο τρόπο λειτουργίας αποτελεί παράδειγμα, υπάρχουν τα εχέγγυα για μια καλή και ήσυχη χρονιά. Μεγαλύτερο «συν» για φέτος η ομοιογένεια αφού ο βασικός «κορμός» παρέμεινε ενώ, κατά την προσφιλή συνήθειά της, προχώρησε και στην απόκτηση ορισμένων νεαρών ταλαντούχων. Πάντως αναζητά έναν επιθετικό ώστε να ολοκληρώσει το ρόστερ της.
ΠΗΡΕ: Ονουάτσι (Παναιτωλικός), Τριάδης (Βισμπάντεν), Γκλέισον (Κομέρσιαλ), Καζούμπα (Φεροβιάρια),
Κούτεφ (Μ), Ράνος (ακαδημία), Τορομανίδης (ακαδημία), Δουμάνης (ακαδημία), Τσαμούρης (ακαδημία).
ΕΔΩΣΕ: Βλαχοδήμος (Ολυμπιακός), Πόι (Λεβαδειακός), Εντιμάρ (Κλουζ), Σουάνης (Απόλλων Λεμεσού), Καζάκης, Ντίκα, Σταθάκης, Στάσιακ, Νταρμπιόν.