Ένα …διπλοθεσίτη αποκτά ο Παναθηναϊκός στην αμυντική του γραμμή, καθώς ο Ζοάο Νούνιες μπορεί να αγωνιστεί τόσο ως κεντρικός αμυντικός, όσο και ως δεξί μπακ. Ουσιαστικά οι Πράσινοι θα καλύψουν το κενό που άφησε ο Ουσμάν Κουλιμπαλί με την απόκτηση του 23χρονου Πορτογάλου ποδοσφαιριστή που έκανε τα πρώτα του ποδοσφαιρικά βήματα στην Ακαδημία της Μπενφίκα.
Ο Νούνιες είναι διεθνής με όλες τις μικρές εθνικές της Πορτογαλίας, φόρεσε το περιβραχιόνιο του αρχηγού στην ομάδα Νέων των “Αετών” της Λισσαβώνας και αγωνίστηκε μονάχα στη δεύτερη ομάδα της Μπενφίκα, ενώ το καλοκαίρι του 2016 πήρε μεταγραφή και δοκίμασε την τύχη του στην Πολωνία και τη Λέχια Γκντανσκ.
Στην Έκστρακλάσα αγωνίστηκε σε 76 παιχνίδια (κανένα γκολ), τόσο ως στόπερ, όσο και ως δεξί μπακ, ενώ αρνήθηκε αρκετές φορές τις προτάσεις που του έκαναν οι Πολωνοί για ανανέωση του συμβολαίου του, με αποτέλεσμα να μείνει ελεύθερος πριν από λίγο καιρό.
Ο Νούνιες είχε στα χέρια του μια ιδιαίτερα δελεαστική πρόταση από ομάδα των Εμιράτων, ωστόσο αποφάσισε μαζί με τον πατέρα του, ο οποίος είναι και ο μάνατζερ του να αποδεχθεί την πρόταση του Παναθηναϊκού που ξεπερνάει τις 150.000 ευρώ ετησίως και να συμφωνήσει για τριετές συμβόλαιο συνεργασίας με το Τριφύλλι.