Χωρίς εκπλήξεις πραγματοποιήθηκε η κλήρωση του κυπέλλου Ελλάδος για τη δεύτερη και τρίτη φάση. Οι ομάδες της Super League έμαθαν τα ζευγάρια από τα οποίο θα προκύψουν οι αντίπαλοί τους στην τέταρτη φάση της διοργάνωσης. Στη δεύτερη φάση παίρνουν μέρος ομάδες της Football League 2 απέναντι σε ομάδες της Football League. Η δεύτερη φάση θα πραγματοποιηθεί από τις 22 έως τις 24 Νοεμβρίου, η τρίτη στις 7 Δεκεμβρίου και η τέταρτη από τις 20 έως τις 22 Δεκεμβρίου. Αναλυτικά:
Δεύτερη φάση
1. Απόλλων Καλαμαριά – Αναγέννηση Επανομή
2. Απόλλων Σμύρνης – Πανθρακικός
3. Αστέρας Μαγούλας – Καλλιθέα
4. Βατανιακός – Αγροτικός Αστέρας
5. Δόξα Κρανούλας – Παναχαϊκή
6. Ζάκυνθος – Πιερικός
7. Καλαμάτα – Φωκικός
8. Κεραυνός Γλυφάδας – Καλλονή
9. Μέγας Αλέξανδρος Ηρ. – Εθνικός Αστέρας
10. Νίκη Βόλου – Θρασύβουλος
11. Οδ. Αναγέννησης Σερρών – Πλατανιάς
12. Οικονόμος Τσαριτσάνης – Πανσερραϊκός
13. ΑΕ Πόντιοι Κατερίνης – Βύζας Μεγάρων
14. Προοδευτική – Αναγέννηση Γιαννιτσών
15. Ρούβας – Λάρισα
16. ΠΑΟ Ρουφ – Διαγόρας
17. Τύρναβος – Βέροια
18. Νικητής Εθνικός Γαζώρου-Αετός Σκ. – Ηρακλής Ψαχνών
Τρίτη φάση
19. Νικητής 18 – Νικητής 6
20. Νικητής 3 – Νικητής 17
Τέταρτη φάση
21. Νικητής 1 – Ατρόμητος
22. Νικητής 2 – Άρης
23. Νικητής 4 – Παναθηναϊκός
24. Νικητής 5 – ΟΦΗ
25. Νικητής 7 – ΑΕΚ
26. Νικητής 8 – Πανιώνιος
27. Νικηκής 9 – ΠΑΟΚ
28. Νικητής 10 Λεβαδειακός
29. Νικητής 11 – Κέρκυρα
30. Νικητής 12 – Εργοτέλης
31. Νικητής 13 – SKODA Ξάνθη
32. Νικητής 14 – Αστέρας Τρίπολης
33. Νικητής 15 – Παναιτωλικός
34. Νικητής 16 – ΠΑΣ Γιάννινα
35. Νικητής 19 – Ολυμπιακός
36. Νικητής 20 -Δόξα Δράμας