Ως εσωτερικό ζήτημα της ελληνικής ομοσπονδίας χαρακτηρίζει το θέμα του ΟΦΗ, η FIFA. Σύμφωνα με την επιστολή της παγκόσμιας ομοσπονδίας ποδοσφαίρου, δεν μπορεί να παρέμβει στην απόφαση της αδειοδότησης της κρητικής ΠΑΕ, όπως και στην προσφυγή του ΟΦΗ στα πολιτικά δικαστήρια.
Χαρακτηριστικά, η επιστολή αναφέρει για το συγκεκριμένο θέμα: «Το ζήτημα που έχει προκύψει με την ΠΑΕ ΟΦΗ και την ΕΠΟ αποτελεί εσωτερικό ζήτημα της ομοσπονδίας και η FIFA δε μπορεί να παρέμβει στο συγκεκριμένο θέμα».
Από την πλευρά τους, οι Κρητικοί έχουν ζητήσει από την παγκόσμια ομοσπονδία ποδοσφαίρου διευκρινήσεις σχετικά με τις φήμες που ήθελαν τον ΟΦΗ να αποβάλλεται από κάθε εγχώρια διοργάνωση, με αφορμή την προσφυγή στα πολιτικά δικαστήρια. Το συγκεκριμένο σενάριο είχε δει το φως της δημοσιότητας, μετά την επίσκεψη της γενικής διευθύντριας, Εύα Πασκιέρ στην Ελλάδα.