Η πιο σπουδαία αρχαία πόλη της περιοχής του Δήμου Φαρκαδόνας τοποθετείται στο Δ. Δ. του Κλοκωτού. Πρόκειται για την αρχαία Φαρκαδόνα (Φαρκαδών), που βρίσκονταν ανάμεσα στον 'Ατραγα και στην Πέλιννα. Για τη θέση της Φαρκαδόνας κάνει λόγο αρχικά ο αρχαίος συγγραφέας και γεωγράφος Στράβωνας (Στράβων IX 438) που αναφέρει ότι οι τρεις πόλεις της Εστιαιώτιδας, Τρίκκη, Πέλλινα και Φαρκαδόνα, βρίσκονταν παρατεταγμένες κατά μήκος της αριστερής όχθης του Πηνειού ποταμού. Με βάση την πληροφορία αυτή και τις μαρτυρίες των αρχαίων συγγραφέων Αρριανού, Σκύλακα, Λίβιου και Πλίνιου, ο 'Αγγλος συντατγματάρχης W. Leake ταύτισε τα ερείπια στο ύψωμα «Βίγλα» της κοινότητας Κλοκωτού με την αρχαία Φαρκαδόνα.
Πρόκειται για στοιχεία εργασίας του κ. Λεωνίδα Χατζηαγγελάκη, Αρχαιολόγου, Επίτιμου Διευθυντή Αρχαιοτήτων του Υπουργείου Πολιτισμού, η οποία περιλαμβάνεται στα πρακτικά ημερίδας με θέμα «Γριζάνο Τρικάλων: Αρχαιότητες, Βυζαντινά, Μεταβυζαντινά και Νεώτερα Μνημεία», που πρόσφατα εκδόθηκαν.
Είναι άγνωστο πότε ιδρύθηκε η αρχαία Φαρκαδόνα. Τα παλαιότερα στοιχεία κατοίκησης στον Κλοκωτό, σύμφωνα με τον ίδιο, εντοπίζονται στα δυτικά των ορίων της αρχαίας πόλης και του χωριού, όπου εντοπίστηκε αρχαίο νεκροταφείο της Πρωτογεωμετρικής και Γεωμετρικής εποχής και ανασκάφηκαν μερικοί τάφοι που περιείχαν ως κτερίσματα χάλκινες πόρπες.
Η Φαρκαδόνα τοποθετείται ανάμεσα στις αρχαιότερες από τις πόλεις της Εστιαιώτιδας. Ήταν σημαντική πόλη, δεύτερη μετά την Τρίκκη, που την επισκέφθηκε ακόμη και ο φημισμένος ποιητής Πίνδαρος, κατά τον 6ο αι. π. Χ., οπότε η πόλη βρίσκονταν σε ακμή και μάλλον είχε υπό διοικητικό έλεγχο και την Πέλιννα (Τζιαφάλιας, 1992,124).
Η πόλη αναπτύσσονταν στις μεσημβρινές υπώρειες των δύο λόφων Β, ΒΑ του χωριού. Στο δυτικό χαμηλότερο λόφο (υψ. 205 μ.) ήταν η ακρόπολη της αρχαίας πόλης, ενώ ο πιο ψηλός (υψ. 252 μ.) στα ανατολικά ήταν αφύλακτος, καθώς μόνο ένα τμήμα τείχους υπήρχε κατά μήκος της ράχης που συνέδεε τους δύο λόφους, όπως διαπιστώνεται από τα υπολείμματα του και τις φιλολογικές πηγές.
Όταν ο Φίλιππος Β' της Μακεδονίας κατά το έτος 357 π. Χ. αναμίχθηκε στις εσωτερικές υποθέσεις των Θεσσαλών, συνεχίζει ο κ. Χατζηαγγελάκης, με απώτερο στόχο την κατάκτηση τους και κατήλθε ως «ελευθερωτής», βρήκε, ανάμεσα στους άλλους, σθεναρή αντίσταση από τους κατοίκους των αρχαίων πόλεων της Τρίκκης, της Φαρκαδόνας και της Φαϋττού, που ακολουθούσαν πολιτική φιλική προς τις αρχαίες Φερές. Τα σχετικά με την πολιορκία και την κατάληψη της Φαρκαδόνας περιγράφει ο Πολύαινος (Στρατηγήματα IV, 2, 18), όπου αναφέρει πως ο Φίλιππος για να υποτάξει την πόλη χρησιμοποίησε σκάλες στην ατείχιστη πλευρά του πιο ψηλού από τους δύο λόφους και οι μισθοφόροι του κατάφεραν να ανέβουν στην ακρόπολη. Έτσι ο Φίλιππος Β', κατέλαβε την πόλη, κατέστρεψε τα τείχη, τα δημόσια κτίρια και εξόρισε τους κατοίκους της.
Οι Φαρκαδόνιοι, τονίζεται στην ίδια εργασία, ποτέ δεν συμμάχησαν με τη θέληση τους με τους Μακεδόνες. Ανάμεσα στους κατοίκους πόλεων που δεν τους επιτράπηκε, το 319 π. Χ., να γυρίσουν στις πατρίδες τους με την αμνηστία που δόθηκε με το διάγραμμα του Πολυπέρχοντος, επιμελητή του Μακεδόνικου θρόνου, ήταν και οι Φαρκαδόνιοι, μαζί με τους Αμφισσείς, Τρικκαίους και Ηρακλειώτες. Ρόλο στην απόφαση έπαιξε η ενημέρωσή του περί των επαναστατικών διαθέσεων των Φαρκαδονίων. Η Φαρκαδόνα παρήκμασε σε άσημη πολίχνη μετά την κατάκτηση της Θεσσαλίας από τους Μακεδόνες.
Ωστόσο, έστω και ως πολίχνη, η Φαρκαδόνα εξακολουθούσε να υφίσταται, όπως προκύπτει μέσα από επιγραφικές μαρτυρίες. Σε τμήμα ενεπίγραφης στήλης που βρέθηκε στον Πετρόπορο, στη θέση «Παλαιογαρδίκι» όπου ο αρχαιολογικός χώρος της Πέλιννας, μαρτυρείται η εκδίκαση από δικαστές που ήταν στην υπηρεσία του Φιλίππου Ε', βασιλιά των Μακεδόνων, δικαστικής διένεξης ανάμεσα στο Κοινό των Φαρκαδονίων με δύο ιδιώτες για κτηματικές διαφορές, στο τέλος του 3ου – αρχές 2ου αι. π. Χ. Εδώ ως «Κοινό των Φαρκαδονίων» νοείται το σύνολο των κατοίκων της αρχαίας πόλης που διεκδίκησαν με νόμιμο τρόπο, σε δικαστήριο, δημόσια κτήματα που καταπατήθηκαν από άλλους πολίτες.
Από τα τείχη της αρχαίας ακρόπολης της Φαρκαδόνας, που ήταν κατασκευασμένα με ντόπιους πελεκημένους λίθους, διατηρούνται ελάχιστα λείψανα στα Ν, ΝΔ. Περισσότερα, αναφέρει ο κ. Χατζηαγγελάκης, είναι τα τμήματα της οχύρωσης των βυζαντινών χρόνων. Στον βυζαντινό ναό των Αγίων Αποστόλων Πέτρου και Παύλου του Κλοκωτού, μέσα στα όρια της αρχαίας πόλης, διαπιστώνεται η δόμηση αρκετών αρχιτεκτονικών μελών σε δεύτερη χρήση.
Νομίσματα της Φαρκαδόνας
Από τη νομισματική κυκλοφορία της Φαρκαδόνας διαπιστώνεται, σύμφωνα με τον αρχαιολόγο, η αρχική της δύναμη. Τα πρώτα της νομίσματα χρονολογούνται στον 5ο αι. π. Χ. Από τα πιο αξιόλογα σημειώνεται πολύ καλής διατήρησης σπάνιος αργυρός οβολός (γύρω στα 462 – 460 π. Χ., όπου εικονίζεται τράχηλος και κεφαλή ταύρου κατενώπιον και από πάνω σπυρί σιταριού. Στην πίσω επιφάνεια κεφάλι ίππου προς τα δεξιά, πίσω τα γράμματα ΦΑΡ, κάτω τρίαινα, όλα μέσα σε έγκοιλο τετράγωνο. Σε αργυρό ημίδραχμο, γύρω στο 460 – 440 π. Χ., παριστάνεται Θεσσαλός σε διασκελισμό στα δεξιά, με πέτασο να κρέμεται γύρω από το λαιμό του, με τα δύο χέρια του γύρω, μπροστά από το κεφάλι ταύρου που κινείται δεξιά. Στον οπισθοτυπο ΦΑ – Ρ ΚΑ, κεφάλι και κορμός ίππου προς τα δεξιά, τρίαινα, όλα μέσα σε έγκοιλο τετράγωνο.
Στην ίδια χρονική εποχή σε εξαιρετικό αργυρό ημίδραχμο εικονίζεται Θεσσαλός σε διασκελισμό δεξιά, με μανδύα και πέτασο να κρέμεται πίσω από το λαιμό του, με τα δύο χέρια του γύρω από το κεφάλι μπροστινό μέρος ταύρου που κινείται δεξιά. Στην πίσω επιφάνεια ΦΑΡΚΑΔΟΝΙ, κεφάλι και κορμός ίππου προς τα δεξιά, μέσα σε ρηχό έγκοιλο τετράγωνο. Γύρω στα 440 – 400 π. Χ. χρονολογείται ένα πολύ σπάνιο αργυρό ημίδραχμο όπου στον εμπροσθότυπο παρουσιάζεται κεφάλι ταύρου προς τα δεξιά, ενώ στον οπισθοτυπο κριάρι στέκεται προς τα αριστερά μέσα έγκοιλο τετράγωνο, Φ Α Ρ Κ.
Σε μια πολύ ενδιαφέρουσα, μάλλον αδημοσίευτη, αργυρή κοπή, επισημαίνει ο κ. Χατζηαγγελάκης, των αρχών του 4ου αι. π. Χ., εικονίζεται ίππος προς τα δεξιά. Στον οπισθότυπο, στο έγκοιλο τετράγωνο, απεικονίζεται ο ήρωας Ηρακλής να στέκεται στα δεξιά, γυμνός, κρατώντας με το αριστερό του χέρι το τόξο και τυλιγμένη τη λεοντή επάνω στον βραχίονα, ενώ με το δεξί κρατά το ρόπαλο που ακουμπά στο έδαφος, ΦΑΡΚ. Στον εμπροσθότυπο ενός σπάνιου χάλκινου νομίσματος του πρώτου μισού του 4ου αι. π. Χ. παριστάνεται ίππος στα δεξιά που βόσκει και στον οπισθότυπο μισοφέγγαρο επάνω από εξάκτινο αστέρι, ΦΑΡΚ / ΔΟΝΟ, υποδηλώνοντας ίσως λατρεία της Εννοδίας. Από την ενδεικτική παρουσίαση αυτών των αργυρών και χάλκινων νομισματικών κοπών της Φαρκαδόνας και των σύντομων ιστορικών στοιχείων γίνεται φανερό, σύμφωνα με τον κ. Χατζηαγγελάκη, πως η ακμή της αρχαίας πόλης εκδηλώνεται στον 6ο έως τα μέσα του 4ου αι. π. Χ., ενώ η συρρίκνωση και ο μαρασμός επέρχεται με την κατάκτηση και την καταστροφή της από τον Φίλιππο Β' της Μακεδονίας.