Τα επιχειρήματα τους προκειμένου να ακυρωθούν, ως αντισυνταγματικές και παράνομες, οι υπουργικές αποφάσεις με τις οποίες συγκροτήθηκαν και λειτουργούν οι νέες ανεξάρτητες επιτροπές προσφυγών, ανέπτυξαν ενώπιον του Συμβουλίου της Επικρατείας οι νομικοί παραστάτες των προσφύγων του Ελληνικού Συμβουλίου για τους πρόσφυγες, της Ομάδας Δικηγόρων για τα Δικαιώματα Προσφύγων και Μεταναστών και ενός Σύρου που έχει διαταχθεί η επαναπροώθησή του στην Τουρκία.
Οι οργανώσεις, οι οποίες έχουν προσφύγει στο Ανώτατο Δικαστήριο, χαρακτήρισαν αντισυνταγματικές τις επίμαχες ανεξάρτητες επιτροπές καθώς, όπως λένε, το Σύνταγμα δεν επιτρέπει τη συμμετοχή εν ενεργεία δικαστών, ενώ παράλληλα η επιλογή των δικαστών έγινε από το γενικό Επίτροπο Επικρατείας των Διοικητικών Δικαστηρίων και όχι από το Ανώτατο Δικαστικό Συμβούλιο ή μετά από κλήρωση.
Ο Σύρος πρόσφυγας, από την πλευρά του, υποστήριξε ότι είναι εσφαλμένη η αιτιολογία της απόφασης με την οποία αποφασίστηκε η επαναπροώθησή του στη γείτονα χώρα και αμφισβήτησε ότι η Τουρκία παρέχει προστασία ασφαλούς χώρας την στιγμή μάλιστα που ο ίδιος, όπως λέει, έχει δεχθεί κακομεταχείριση. Μάλιστα, τόνισε πως οι αρμόδιοι κρατικοί φορείς δέχθηκαν ανεπιφύλακτα τις διαβεβαιώσεις που αναγραφόντουσαν στα διπλωματικά έγγραφα ότι είναι ασφαλής χώρα η Τουρκία.
Το Ελληνικό Δημόσιο απαντώντας στους ισχυρισμούς του Σύρου πρόσφυγα υποστήριξε πως σύμφωνα με τα διπλωματικά έγγραφα η Τουρκία είναι ασφαλής χώρα, αφού φιλοξενεί 2,7 εκατομμύρια Σύριους σε καταυλισμούς οι οποίοι έχουν πρόσβαση σε εκπαίδευση και εργασία. Επιπλέον, υποστήριξε ότι οι οργανώσεις -Σωματεία δεν έχουν έννομο συμφέρον για να προσφύγουν στο ΣτΕ και αντέτεινε ότι οι ανεξάρτητες επιτροπές προσφυγών στις οποίες συμμετέχουν δικαστές είναι συνταγματικά συγκροτημένες, καθώς έχουν δικαιοδοτικό χαρακτήρα. Το ΣτΕ επιφυλάχθηκε να εκδώσει την απόφασή του.
Αξίζει να σημειωθεί ότι το δικαστήριο ζήτησε να διαβιβαστεί προδικαστικό ερώτημα στο Δικαστήριο της Ευρωπαϊκής Ένωσης προκειμένου, πριν αποφανθεί οριστικά το ΣτΕ, να αποφανθεί προηγουμένως επί των επιχειρημάτων τέθηκαν.