Ο ταχύτατος μεσοεπιθετικός ακολούθησε έτσι τον Νίκο Λυμπερόπουλο στην κλειστή «παρέα» εκείνων που το κατάφεραν.
Ο Κλωναρίδης αγωνίστηκε στην ΑΕΚ από το 2010 έως το 2012. Στην συνέχεια μεταπήδησε στον Παναθηναϊκό στον οποίο έπαιξε από το 2013 έως το 2017. Εκείνη τη χρονιά επέστρεψε στην Ένωση στην οποία έμεινε έως το 2020.
Η αρχή έγινε τη σεζόν 2011-12, όταν πριν κλείσει ακόμα τα 20 του χρόνια σκόραρε από ένα γκολ σε δύο ντέρμπι με τον Παναθηναϊκό. Μάρτιο και Μάιο πραγματοποιήθηκαν τα ντέρμπι σε κανονική περίοδο και play off αντίστοιχα και ο Βίκτορ Κλωναρίδης σκόραρε και στις δύο νίκες της ομάδας του, οι οποίες ήρθαν μάλιστα με το ίδιο σκορ, 2-0.
Σ’ αυτή τη σεζόν σκόραρε τα πρώτα τέσσερα γκολ του στη Superleague.
Εναντίον της ΑΕΚ πέτυχε γκολ στις 2 Απριλίου του 2017, ανοίγοντας το σκορ για τον Παναθηναϊκό. Γκολ το οποίο δεν πανηγύρισε σεβόμενος το πέρασμα του από τους κίτρινους.
Σε ντέρμπι ΑΕΚ – Παναθηναϊκού, στις 25 Μαΐου 2011 πραγματοποίησε το ντεμπούτο του στην κατηγορία.
Αγωνίστηκε συνολικά με την φανέλα και των δύο ομάδων 154 φορές στην μεγάλη κατηγορία και σημείωσε 28 γκολ.
