Στη φάση των ομίλων προκρίθηκαν η Βιγιαρεάλ που επικράτησε με 3-0 της Οντένσε ανατρέποντας το εις βάρος της 1-0 του πρώτου αγώνα και η Μπάγερν που δεν δυσκολεύτηκε να πάρει και δεύτερη νίκη 1-0 εκτός έδρας.
Η Μάλμε το πάλεψε και έφτασε στη νίκη 2-0, όμως το 4-1 της Ντιναμό στην πρώτη αναμέτρηση έστειλε τους Κροάτες στην επόμενη φάση.
Στην διαδικασία των πέναλτι οδηγήθηκε η αναμέτρηση Γκενκ-Μακάμπι μιας και στην κανονική διάρκεια το αποτέλεσμα ήταν ίδιο με αυτό του πρώτου αγώνα (2-1). Στην κρίσιμη στιγμή οι Βέλγοι αποδείχθηκαν πιο ψύχραιμοι και πήραν την πρόκριση με 4-1.
Γκενκ (Βέλγιο)-Μακάμπι Χάιφα (Ισραήλ) 2-1
Σκόρερ: 35΄ Φόσεν, 41΄ Μπουφέλ – 37΄ Γκολάσα
Α΄αγ. : 1-2. Προκρίθηκε η Γκενκ με 4-1 στα πέναλτι
Μάλμε (Σουηδία)-Ντιναμό Ζάγκρεμπ (Κροατία) 2-0
Σκόρερ: 69΄ Φιγκεϊρέδο, 86΄ Γιάνσον
Α΄αγ. : 1-4. Προκρίθηκε η Ντιναμό με συνολικό σκορ 4-3
Βιγιαρεάλ (Ισπανία)-Οντένσε (Δανία) 3-0
Σκόρερ: 50΄,66΄ Ρόσι, 82΄ Μαρτσένα
Α΄αγ. : 0-1. Προκρίθηκε η Βιγιαρεάλ με συνολικό σκορ 3-1
Ζυρίχη (Ελβετία)-Μπάγερν Μονάχου (Γερμανία) 0-1
Σκόρερ: 7΄ Γκόμεζ
Α΄αγ. : 0-2. Προκρίθηκε η Μπάγερν με συνολικό σκορ 3-0