Το 2ο εξάμηνο του 2012 στη Super League σημαδεύτηκε από τα προβλήματα αδειοδοτήσεων για αρκετές ομάδες και τις απαγορεύσεις μεταγραφών λόγω της μη τήρησης του Financial Fair play . Μεγαλύτερο πρόβλημα αντιμετώπισε η ΑΕΚ στην οποία απαγορεύτηκε να συμμετάσχει στις ευρωπαϊκές διοργανώσεις, δεν κατάφερε να κρατήσει του έμπειρους ποδοσφαιριστές της και υποχρεώθηκε να καταρτίσει ροστερ με νέα άπειρα παιδιά. Αυτό είχε ως συνέπεια η ολοκλήρωση του πρώτου γύρου να βρει την ΑΕΚ στην τελευταία θέση του βαθμολογικού πίνακα
Εκτός της Ένωσης, οι ομάδες που δεν κατάφεραν να ξεπεράσουν τα οικονομικά προβλήματα και να πάρουν την άδεια είναι οι Άρης, Πανιώνιος, ΟΦΗ, Κέρκυρα και ΠΑΣ Γιάννινα
Ο Ιούλιος σημαδεύτηκε από το θάνατο του προέδρου της Σούπερ Λιγκ και του Εργοτέλη, Απόστολου Παπουτσάκη. Παράλληλα νέος πρόεδρος της διοργανώτριας αρχής του πρωταθλήματος εξελέγη ο Γιάννης Μώραλης.
Τον Αύγουστο ξεκινάει το νέο πρωτάθλημα με τον Ολυμπιακό να περνάει νικηφόρα από την Βέροια, τον Παναθηναϊκό από την Λιβαδειά και την ΑΕΚ να γνωρίζει την ήττα στο ΟΑΚΑ από τον Αστέρα.
Η είδηση του μήνα βεβαια είναι πως ο ΠΑΟΚ αποκτάει μεγαλομέτοχο και αλλάζει σελίδα. Ο Ρωσος, ελληνικής καταγωγής, επιχειρηματίας Ιβάν Σαββίδης αποκτά το πλειοψηφικό πακέτο των μετοχών του «δικεφάλου» και στην ομάδα της Θεσσαλονίκης ελπίζουν σε καλύτερες μέρες.
Το μήνα Σεπτέμβριο αρχίζουν να διαφαίνονται αρκετά σε ότι αφορά την υπόθεση τίτλος καθώς ο Ολυμπιακός μετά από 6 αγωνιστικές βρίσκεται πρώτος χωρίς απώλειες έχοντας αποσπαστεί από τους διώκτες του. Ευχάριστη έκπληξη του πρωταθλήματος έως εκείνη τη στιγμή, ο Πανιώνιος. Η ομάδα του Δημήτρη Ελευθερόπουλου, παίζοντας πολύ όμορφο ποδόσφαιρο βρέθηκε στη 2η θέση πίσω από τον Ολυμπιακό.
Τα προβλήματα συνεχίζονται για την ΑΕΚ που εκτός από το ότι βρίσκεται στην τελευταία θέση, ο Θωμάς Μαύρος παραιτείται από την προεδρία της ΠΑΕ καθώς διαφώνησε με την απόφαση του ΔΣ να απολύσει το Βαγγέλη Βλάχο από την τεχνική ηγεσία.
Τον Οκτώβριο ο Έβαντ Λίνεν επιστρέφει στο ελληνικό ποδόσφαιρο για να αναλάβει το δύσκολο έργο να ξεκολήσει την ΑΕΚ από το βυθό του βαθμολογικού πίνακα.
Στον Παναθηναϊκό έχει χαθεί πολύτιμο έδαφος με τον κόσμο να γκρινιάζει για το Φερέιρα και τον Αλαφούζο να τον στηρίζει. Αντίθετα λύνει το συμβόλαιο του Κώστα Κατσουράνη καθώς θεωρεί ότι επηρεάζει αρνητικά τους συμπαίκτες του.
Το Νοέμβριο και ενώ ο Ολυμπιακός συνεχίζει αήττητος στο πρωτάθλημα, ο πρόεδρος του Παναθηναϊκού Γιάννης Αλαφούζος πείστηκε τελικά να απομακρύνει τον Πορτογάλο Φερέιρα και να πάρει στη θέση του τον Χουάν Ραμόν Ρότσα. Τρεις μέρες μετά ο Παναθηναϊκός πετυχαίνει σημαντική νίκη με 2-0 επί του ΠΑΟΚ.
Το Δεκέμβριο το ντέρμπι των αιωνίων τελειώνει ισόπαλο 2-2 μετά από ένα καταπληκτικό παιχνίδι χωρίς παρατράγουδα. Ο Κώστας Κατσουράνης συμφώνησε να συνεχίσει την καριέρα του στον ΠΑΟΚ, ενώ στον Παναθηναϊκό μετά την ήττα με 3-0 από την Βέροια η διοίκηση, βάζει στη μαύρη λίστα ποδοσφαιριστές όπως ο Βύντρα, ο Σπυρόπουλος, ο Χριστοδουλόπουλος και ο Μπουμσόνγκ.
Την ίδια ώρα ανάβουν το πράσινο φως στον Πρίγκιπα Φειζάλ, ο οποίος επανεμφανίστηκε, προκειμένου να βάλει 28 εκατομμύρια στην αύξηση μετοχικού κεφαλαίου και να πάρει την ιδιοκτησία της ΠΑΕ.
Ο πρώτος γύρος τελειώνει με τον Ολυμπιακό πρωταθλητή χειμώνα, τον ΠΑΟΚ δεύτερο, την ΑΕΚ να βρίσκεται στην τελευταία θέση, και τους Αστέρα, Ατρόμητο, Πανιώνιο να συμπληρώνουν την 5αδα.