Το καλοκαίρι του 2013 ο Φερναντίνιο έβαλε την υπογραφή του στο πρώτο συμβόλαιό του με τη Μάντσεστερ Σίτι.
Έκτοτε έχει πανηγυρίσει με τους «πολίτες» 4 πρωταθλήματα, 6 League Cup κι ένα Super Cup ενώ ετοιμάζεται για τη μεγαλύτερη πρόκληση σε διασυλλογικό επίπεδο, τον τελικό του Champions League στις 29 Μαΐου με την Τσέλσι.
Το παρόν συμβόλαιό του λήγει στις 30 Ιουνίου και στη Σίτι εκτιμώντας την ηγετική φυσιογνωμία του εντός κι εκτός γηπέδου, αποφάσισαν να επεκτείνουν τη συνεργασία τους έως το καλοκαίρι του 2022, όπως αναφέρει η αγγλική εφημερίδα «The Times».