Όταν το Εθνικό Σοσιαλιστικό Γερμανικό Εργατικό Κόμμα του Χίτλερ ήρθε στην εξουσία το 1933, το νέο καθεστώς επέκτεινε γρήγορα τον έλεγχό του σε όλους τους τομείς της γερμανικής κοινωνίας, συμπεριλαμβανομένου του ποδοσφαίρου.
Ως μέρος του νέου Τρίτου Ράιχ, οι ποδοσφαιρικοί σύλλογοι υποχρεώθηκαν να «καθαρίσουν» όλους τους Εβραίους από τις τάξεις τους.
Έτσι, το 1933, ο Εβραίος πρόεδρος της Μπάγερν, Κουρτ Λαντάουερ (φωτογραφία), αναγκάστηκε να παραιτηθεί. Αργότερα πέρασε δύο μήνες σε στρατόπεδο συγκέντρωσης, αλλά διέφυγε από τη Γερμανία το 1939 και πήγε στην Ελβετία.
Το 1940, η Μπάγερν επισκέφθηκε τον Λαντάουερ στην Ελβετία ως ένδειξη υποστήριξης. Επέστρεψε στη Μπάγερν το 1947. Μεταξύ 1913 και 1951, πέρασε περίπου 18 χρόνια ως πρόεδρος της Μπάγερν, η μεγαλύτερη θητεία προέδρου στην ιστορία του συλλόγου. Μάλιστα υπάρχει ένας δρόμος που πήρε το όνομά του στο προάστιο Φρίμαν του Μονάχου.
Στις 2 Μαΐου 1945, εννέα ημέρες μετά τη νίκη της Μπάγερν επί της Μόναχο 1860, η Γερμανία παραδόθηκε χωρίς όρους και αυτό ήταν το επίσημο τέλος για το Τρίτο Ράιχ!