Ο Ηρακλής γιορτάζει σήμερα (29/11) τα 103 χρόνια από την ίδρυσή του βυθμισμένος στο τέλμα των προβλημάτων του.
Γεννήθηκε το 1899 αρχικά ως σύλλογος φιλόμουσων αλλά Ηρακλής έγινε το 1908 όταν συνενώθηκε με την ομάδα Ολύμπια. Πρώτο τμήμα του ήταν αυτό του ποδοσφαίρου.
Δεν άργησαν οι πρώτες επιτυχίες. Το 1928 και το 1938 κατέκτησε το πρωτάθλημα Θεσσαλονίκης, το 1933 συμμετείχε στον ημιτελικό του Κυπέλλου, ενώ το 1934 και το 1939 ήταν δεύτερος στο εθνικό πρωτάθλημα. Μετά τον δεύτερο Παγκόσμιο Πόλεμο, συμμετείχε στους τελικούς Κυπέλλου το 1947 και το 1957, ενώ το 1961 έγινε η πρώτη ελληνική ομάδα που πήρε μέρος στο νεοσύστατο Κύπελλο Εκθέσεων.
Χρονιά σταθμός υπήρξε το 1976, όταν με οδηγό τον Βασίλη Χατζηπαναγή κατέκτησε το Κύπελλο Ελλάδας νικώντας με 6-5 στα πέναλτι τον Ολυμπιακό στον τελικό, που έγινε στο γήπεδο της Νέας Φιλαδέλφειας.