Ο Θηβαίος αμυντικός (και αμυντικός μέσος) Γιάννης Μανιάτης αφού ξεκίνησε την καριέρα του στην ομάδα τη γεννέτειράς του μετά από μόλις μία σεζόν αποκτήθηκε από τον Πανιώνιο του οποίου αποτέλεσε αρχηγό και ηγετική φυσιογνωμία.
Στη Νέα Σμύρνη αγωνίστηκε από το 2004 ως τον Γενάρη του 2011, όταν και πήρε μεταγραφή για τον Ολυμπιακό στον οποίο επίσης διατέλεσε αρχηγός. Στα πρώτα χρόνια της καριέρας τοτε αγωνιζόταν κυρίως ως δεξί μπακ, οπότε και η επαφή του με τα δίχτυα ήταν μηδαμινή.
Ωστόσο ο Έβαλντ Λίνεν διέκρινε ότι μπορεί να αγωνιστεί με ευχέρεια και ως αμυντικός μέσος με αποτέλεσμα να προωθείται πιο συχνά, αλλά και να βελτιώσει τις τοποθετήσεις του στην αντίπαλη περιοχή στις στατικές φάσεις. Έτσι αύξησε και την παραγωγικότητά του στα γκολ.
Συνολικά στην καριέρα του πέτυχε 14 γκολ, τα 6 με τον Πανιώνιο και τα 8 με τον Ολυμπιακό. Από δύο γκολ πέτυχε εναντίον του Άρη, της Βέροιας και της Καλλονής. Με την Εθνική έπαιξε 50 φορές και σκόραρε ένα γκολ ενώ ήταν βασικός και στα τέσσερα ματς του EURO 2012 αλλά και στα τέσσερα ματς του Παγκοσμίου Κυπέλλου του 2014.