Ο Παντελής Καφές είναι από τα πρόσωπα της Εθνικής ομάδας που έγραψαν ιστορία στην Πορτογαλία το 2004, πετυχαίνοντας τον ανεπανάληπτο θρίαμβο για τα ελληνικά χρώματα.
Κατάφερε να κάνει σημαντική καριέρα σε επίπεδο Α΄ Εθνικής, αγωνιζόμενος σε τρεις σημαντικούς συλλόγους της χώρας (ΠΑΟΚ, Ολυμπιακό και ΑΕΚ) κατακτώντας μάλιστα τρόπαια με όλους.
Πήρε 2 κύπελλα Ελλάδας με τη φανέλα του ΠΑΟΚ (2001 και 2003), 2 νταμπλ (2005, 2006) με τον Ολυμπιακό, καθώς και ένα κύπελλο με τη φανέλα της ΑΕΚ το 2011.
Η παραγωγικότερη σεζόν του στη μεγάλη κατηγορία ήταν η τελευταία του με τον ΠΑΟΚ (2002-2003).
Τότε σημείωσε 8 γκολ σε 25 συμμετοχές. Η αμέσως καλύτερη είναι και πάλι με τον “δικέφαλο” με 7 γκολ τη σεζόν 1998-1999.
Χαρακτηριστικό γνώρισμα της καριέρας του η συνέπεια. Αγωνιζόμενος σε τρεις σημαντικούς συλλόγους της χώρας έκανε πάντα γεμάτες από συμμετοχές σεζόν, προσφέροντας τα μέγιστα για την επίτευξη των στόχων.
Ξεκίνησε την καριέρα του από τους Πόντιους Βέροιας το 1994 και την ολοκλήρωσε στην ίδια πόλη και στην Βέροια σε επίπεδο Α΄ Εθνικής το 2013.