Ο Φαμπιάν Εστογιανόφ έμεινε ελεύθερος από την Βαλένθια το καλοκαίρι του 2008 και ο Πανιώνιος έσπευσε να τον αποκτήσει σε μια από τις σπουδαιότερες μεταγραφικές κινήσεις στην ιστορία της ομάδας.
Κολλητός με τον σπουδαίο συμπατριώτη του Άλβαρο Ρεκόμπα αποκτήθηκαν παρέα και αγωνίστηκαν μαζί με την φανέλα των κυανέρυθρων. Έγιναν ο τέταρτος και πέμπτος Ουρουγουανός στην ιστορία που φόρεσαν την φανέλα της ομάδας με τον αριθμό των Ουρουγουανών που έχουν βρεθεί στην Πλατεία να έχει φτάσει τους επτά.
Το προσωνύμιο «Λόλο» του το έδωσε ο κατά 14 χρόνια μεγαλύτερος αδερφός του. Οι Έλληνες φίλαθλοι δεν θα ξεχάσουν ποτέ την επική ντρίμπλα στον Γιώργο Καραγκούνη τον Νοέμβριο του 2008 αλλά και ο ίδιος έχει δηλώσει ότι δεν θα ξεχάσει τον Πανιώνιο και την χώρα μας καθώς εδώ γεννήθηκε ο γιός του Σαντιάγκο.
Αγωνίστηκε 37 φορές με την φανέλα του Πανιωνίου μέχρι το καλοκαίρι του 2012. Σε αυτά τα 37 παιχνίδια σκόραρε 9 φορές και μοίρασε δέκα ασίστ. Πέτυχε ένα χατ-τρικ στον αγώνα με τον Πανθρακικό τον Φεβρουάριο του 2009 αλλά δύο φορές μοίρασε τρεις ασίστ σε αγώνες του Πανιωνίου στην Κρήτη με τον Εργοτέλη και στην Κέρκυρα. Στα 37 του αγωνίζεται ακόμα με την φανέλα της Πενιαρόλ με προπονητή τον Ντιέγκο Φορλάν.
