Αποτέλεσε βασικό στέλεχος του ΠΑΟΚ στο μεγαλύτερο κομμάτι της καριέρας του. Ο Στέφανος Αθανασιάδης είναι από τα παιδιά των ακαδημιών του “δικεφάλου” και κατάφερε να κάνει το όνειρό του πραγματικότητα. Να αγωνιστεί στην πρώτη ομάδα και μάλιστα για αρκετά χρόνια.
Βασικό χαρακτηριστικό του η αποτελεσματικότητα στο τελείωμα των φάσεων. Ο τρόπος εκτέλεσης και η συνέπεια στο σκοράρισμα συνέβαλαν ούτω ώστε να γίνει από τα αγαπημένα παιδιά της κερκίδας στην Τούμπα.
Η τετραετία από το 2011 έως το 2015 ήταν αυτή που τον ανέδειξε και τον καθιέρωσε όχι απλά ως μέλος της ομάδας αλλά με τον ρόλο του πρωταγωνιστή.
Χαρακτηριστικό είναι το γεγονός ότι σε αυτό το διάστημα κατάφερε ο επιθετικός του ΠΑΟΚ να πετύχει 14 από τα συνολικά 15 γκολ απέναντι στους μεγάλους του ελληνικού πρωταθλήματος. Κόντρα σε Ολυμπιακό, Παναθηναϊκό, ΑΕΚ και Άρη.
Το 15ο και τελευταίο, το σημείωσε με την φανέλα του ΠΑΣ Γιάννενα απέναντι στον Παναθηναϊκό τον Φεβρουάριο του 2019.
Ως παίκτης του ΠΑΟΚ κατέκτησε ένα κύπελλο, το 2017 απέναντι στην ΑΕΚ.
